Berdasarkan sejarahnya, Desa Citimun merupakan desa induk yang dimekarkan. Desa Citimun mengalami dua kali pemekaran wilayah desa. Untuk pendiriannya sendiri Desa Citimun sudah ada semenjak tahun 1805, jauh sebelum Indonesia merdeka. Dengan adanya kemuajuan zaman dan pertumbuhan penduduk yang terus berkembang, Desa Citimun dimekarkan menjadi dua desa pada tahun 1980. Desa Citimun dimekarkan menjadi Desa Citimun dan Desa Naluk. Kemudian pada tahun 1984, Desa Citimun dimekarkan kembali menjadi dua desa yaitu Deas Citimun dan Desa Padasari. Pemekaran wilayah desa ini terkait dengan tujuan untuk pemerataan pelaksanaan pembangunan dan upaya memberikan pelayanan kepada masyarakat secara optimal di wilayah masing-masing. Terkait namanya, Desa Citimun berasal dari kata Citimun. Asal-muasalnya adalah pada waktu dahulu terjadi sebuah bencana yaitu adanya timbunan pasir yang tak terkira banyaknya dalam waktu yang cukup lama. Berbagai upaya telah dilakukan oleh masyarakat untuk menanggulangi timbunan pasir tersebut. Namun tidak juga membuahkan hasil walau sudah mengerahkan segala kemampuan yang ada. Dan akhirnya, masyarakat menamakan tempat tersebut dengan nama Citimun yang memiliki arti tertimbun.